氨基酸代谢II型PCR芯片可用于研究与氨基酸的生物合成和降解有关的84个关键基因的表达。对于蛋白质合成所需的20个氨基酸，哺乳动物在体内合成非必需氨基酸和从饮食或肠道菌群获得其它必需氨基酸。与氨基酸代谢有关的关键信号分子、维生素和辅助因子，这些基因的表达改变对哺乳动物代谢状况有不良的影响。例如，组氨酸相关的组胺代谢是过敏反应和血管舒张的代谢中心。因此，分析氨基酸生物合成和降解的相关基因可以帮助我们提高对基本生物学途径的理解，以及更好的了解代谢紊乱和营养不良者的状态。这一芯片包含了丙氨酸、天冬酰胺、天门冬氨酸、组氨酸、异亮氨酸、赖氨酸、苯丙氨酸、丝氨酸、甘氨酸、苏氨酸、酪氨酸、缬氨酸等代谢相关的重要基因。通过实时定量PCR的方法，研究者即能够利用该芯片简单可靠地同时检测氨基酸代谢相关基因的表达。
Alanine, Asparagine, & Aspartate / Aspartic Acid Metabolism: ABAT, ADSL, ADSS, AGXT, ALDH5A1, ASNS, ASPA, GAD2, GOT1, GPT. Histidine Metabolism: ABP1, ALDH2, ALDH3B1, AMDHD1, ASPA, CNDP1, DDC, FTCD, HDC, HNMT, MAOA, WBSCR22. Isoleucine Metabolism: ABAT, ACADM, ACADS, ACADSB, ACAT2, ALDH2, ALDH6A1, BCAT1, BCKDHB, DBT, DLD, ECHS1, HADH, HADHB, HSD17B10 (HADH2), IARS, MCEE, MUT, PCCA, PDHA2. Lysine Metabolism: AADAT, AASDHPPT, AASS, ACAT2, ALDH2, ASH1L, BBOX1, DLST, ECHS1, GCDH, HADH, OGDH, PIPOX, PLOD3, TMLHE. Phenylalanine Metabolism: ALDH3B1, AOC3, DDC, GOT1, HPD, MAOA, MIF, PAH, PRDX6 (AOP2). Serine, Glycine, & Threonine Metabolism: AGXT, ALAS1, AMT, AOC3, BHMT, CHDH, DAO, DLD, DMGDH, GCAT, GLDC, GNMT, MAOA, PHGDH, PIPOX, PSAT1, PSPH, SARDH, SDS, SHMT2, SRR. Tyrosine Metabolism: ADH5, COMT, DBH, FAH, HGD, PNMT, TH, TPO, TYR, TYRP1. Valine Metabolism: ABAT, ACADM, ACADS, ACADSB, ACAT2, ALDH2, ALDH6A1, BCAT1, BCKDHB, DBT, DLD, ECHS1, HADH, HIBADH, HIBCH, MCEE, MUT, PCCA, PDHA2, VARS2. Cofactor Metabolism: ALAS1, ALDH5A1, DBT, DLD, DLST, FTCD, HIBADH, MCEE, PIPOX. Vitamin Metabolism: ACADM, BBOX1, DLST, HIBADH, PSAT1, TMLHE