干细胞转录因子PCR基因芯片可以同时检测与干细胞分化和发育相关的84个重点基因的表达。在发育过程中，有几个关键的转录因子（NANOG，POU5F1，SOX2）维持着胚胎干细胞。该芯片检测的这些基因可激活或抑制相应的发育和分化所必需的转录因子，并形成一个复杂的转录调控网络。例如，胚胎干细胞的维护需要POU5F1（OCT4），而滋养外胚层发展需要CDX2。这两个基因互相压制对方，并形成一个调控网络，共同调节细胞发育延迟或允许它进行分化。了解这些调控环路，对于最终破译发育的基因调控网络、阐明细胞分化机制至关重要。该芯片包括维护干细胞，以及在发育过程中所必需的转录因子和辅助因子。利用实时定量PCR，研究者可以方便并且可信地对与干细胞分化和发育相关的转录因子进行同时检测。
Somatic Stem Cell Maintenance: CDX2, NANOG, POU5F1 (OCT4), SOX2. Placenta Development: CDX2, HAND1, PPARG, SP1, VDR. Induced Pluripotent & Embryonic Stem Cells: NANOG, POU5F1, SOX2, STAT3. Axis / Symmetry / Segmentation: CDX2, DLX1, DLX2, FOXA2, HOXA11, HOXA2, HOXA3, HOXA7, HOXA9, HOXA10, HOXB1, HOXB3, HOXB5, HOXB8, HOXC10, HOXC4, HOXC5, HOXC6, HOXC9, HOXD10, HOXD4, LMX1B, NEUROD1, NOTCH2, NR2F2, PAX1, PITX2, SMAD2, TBX5, TDGF1, ZIC1. Embryonic Development: CDX2, DLX1, DLX2, FOXA2, GATA6, GLI2, HAND1, HOXA11, HOXA2, HOXA3, HOXA7, HOXA9, HOXA10, HOXB1, HOXB3, HOXB5, HOXB8, HOXC10, HOXC4, HOXC5, HOXC6, HOXC9, HOXD1, HOXD10, HOXD4, KLF4, LMX1B, MSX2, NANOG, NEUROD1, NOTCH2, PAX1, SIX2, SMAD2, SOX2, SP1, TBX5, TDGF1, ZFPM2, ZIC1. Ectoderm, Endoderm & Mesoderm Formation & Differentiation: FOXA2, GATA6, HAND1, HOXA7, HOXB13, ISL1, KLF4, SMAD2, SOX9. Organ Morphogenesis: CDX2, DLX1, DLX2, GLI2, HAND1, HOXA11, HOXA2, HOXA3, HOXA7, HOXB1, HOXB13, HOXB3, HOXB5, HOXB8, HOXC4, HOXC9, HOXD10, HOXD4, ISL1, JUN, KLF4, MSX2, MYC, NEUROD1, NOTCH2, NR2F2, PAX1, PAX5, PAX6, PITX2, PITX3, PPARG, RUNX1 (AML1), SIX2, SMAD2, SOX2, SOX9, SP1, STAT3, TBX5, TDGF1, VDR, WT1, ZFPM2, ZIC1. Angiogenesis: CDX2, HAND1, JUN, NR2F2, RUNX1 (AML1), WT1. Neurogenesis: DLX1, DLX2, DNMT3B, FOXA1, FOXA2, FOXP3, GLI2, HOXA2, HOXC10, HOXD10, ISL1, LMX1B, NEUROD1, NKX2-2, NR2F2, OLIG2, PAX6, PITX3, POU4F1, POU4F2, PPARG, SOX2, STAT3, TLX3. Hematopoiesis: RB1, RUNX1 (AML1), SOX6, SP1, STAT1. Osteogenesis: GLI2, HOXA2, SOX2, SP1. Other: DACH1, EGR3, ESR1, EZH2, FOXP1, FOXP2, GATA1, HOXC12, HTR7, IRX4, KLF2, LIN28B, NFATC1, PAX9, PCNA, TERT, WRN.