分子鉴定实验服务
产品名称： 分子鉴定实验服务
英文名称： Molecular identification
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更新时间： 2023-09-21T16:17:31
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分子鉴定
核糖体基因转录间隔区( internal transcribed spacer，ITS )是位于核糖体DNA( rDNA )上18S和28S基因之间的区域片段，主要包括内转录间隔区1（ITS1）、5 .8S r DNA、内转录间隔区2( ITS2)。与核糖体DNA中的18S、5.8S和28S的基因组序列相比较, ITS1和ITS2作为非编码区,承受的进化选择压力较小,相对变化较大,可作为鉴定种间甚至物种水平良好的分子遗传标记。ITS区段的扩增己普遍用来作为分类鉴定及分析近缘种和种群的系统发育关系的方法。
除了ITS区段，18S rDNA也是常用于藻类分子鉴定和种系发生分析的靶基因，已被广泛用于分子系统学研究，18S rDNA更能体现出种类间的系统发生关系。解决了许多疑难藻类的分类鉴定问题。
本公司根据客户的要求，选择采用ITS或18S rDNA鉴定，并进行DNA序列解析。
服务说明：
1. 我们目前接收的样品形式为：基因组DNA、培养的藻液或离心沉淀的藻。
2. 基因组DNA的浓度≥10 ng/μl，总体积≥20 μl，且无明显降解。
细菌的rDNA有5S，16S，23S三种。其中5S rDNA信息量少，不适合分析，而23S rDNA分子量大，但碱基突变速率要比16S rDNA快得多，对于较远的亲缘关系不适用。16S rDNA其大小在1,500 bp左右，所代表的信息量适中，因此是进行分类研究的理想材料。
根据用户的需求，为了提供高质量、更为精准的鉴定服务，我们也采用国际流行的多位点基因序列鉴定方法，候选的基因包括gyrB、recA、rpoB等。
扩增细菌16S rDNA的全长序列，约1,500 bp左右，进行三个测序反应，以得到较为全面的种属特异性信息。
得到信息后，进行生物信息学比对，以确定细菌的种类，多数情况下可以精确到种，少数情况下也可以定位到属。
服务说明
2. 基因组DNA的浓度≥10 ng/μl，总体积≥20 μl，且无明显降解。平板或斜面应长有分离纯化的单菌落。
3. 由于革兰氏阳性细菌的细胞壁较厚，采用试剂盒常规方法较难破壁，建议您提供基因组DNA(为了保证扩增质量，建议您提取后做一次乙醇沉淀以去除残存的盐离子等可能抑制PCR反应的成分)。
4. 对于特殊菌株(如厌氧菌、放线菌等)，请在服务委托书中加以说明。
5. 常温运输时间过长会导致菌体老化，细胞壁难以破碎，因此对于平板或斜面，建议您使用冰袋运输。
原理
真菌基因组中编码核糖体RNA的基因有4种，26S rDNA、5S rDNA、18S rDNA和5.8S rDNA。真菌大亚基上的26S rDNA分子，可分为D1、D2…D12等多个区域，其中D1/D2区域序列长度适中，适合于真菌鉴定。是目前流行的真菌分子鉴定和系统发生分析标记。
真菌的ITS (Internal Transcribed Space) 基因，包括ITS1及ITS2两部分，进化速度快，具有多态性，适于对亲缘关系较近的菌株进行区分鉴定。利用rDNA的保守序列设计引物，PCR扩增未知真菌的26S rDNA D1/D2区或ITS区，测序后与GenBank中已知的序列进行同源性比较，将未知真菌鉴定到属或种。
服务内容
l真菌26S rDNA D1/D2区序列解析
PCR扩增真菌26S rDNA D1/D2区片段，长度在500~600 bp左右，只需进行一个测序反应，即可得到26S rDNA D1/D2区序列信息。该方法尤为适合对酵母菌进行鉴定。
l真菌ITS区(包括ITS1、5.8S rDNA、ITS2) 全序列解析
PCR扩增真菌ITS区片段，长度在300~1,000 bp左右，依据PCR扩增片段的长度，进行一个或两个测序反应，即可得到ITS区全序列信息。
l真菌18S rDNA区(包括ITS1、5.8S rDNA、ITS2) 全序列解析
PCR扩增真菌18S区片段，长度在1.5K左右，进行两个测序反应，即可得到18S区核心序列信息。
服务说明
1. 目前我们接收的样品形式为：
l 基因组DNA：样品浓度≥10 ng/μl，总体积≥20 μl。
l 丝状真菌：液体培养的菌丝，菌丝要保证新鲜，且经过分纯无其它菌体污染。
l 酵母类真菌：斜面或平板形式的分离纯化后的新鲜单菌落。
2. 对于某些真菌，使用试剂盒常规方法破壁困难，建议您最好提供基因组DNA。
3. 如果因实验样品不纯造成的测序套峰，本公司将收取全额实验费用。
4. 只接受非人类致病真菌的分子鉴定。
公司邮箱：knogenbiotech@163.com
公司电话：020-84124398
公司传真: 020-84124398
QQ: 547929543
官网：http://knogene.com/