间充质干细胞PCR芯片可用于研究参与维持细胞干性以及自我更新状态的84个关键基因的表达。间充质干细胞（MSC）是成年体内的多能干细胞能够分化成多种类型的细胞，如成骨细胞，软骨细胞，肌细胞，脂肪细胞，和β-胰岛细胞。由于MSC可以很容易地从各种组织中分离，并在体外培养扩增，它们可能作为一种有价值的再生医学的资源。但是由于分离方法的不同，导致了不同实验室之间的结果很难进行比较。因此这个PCR芯片可以更好的解释间充质干细胞分离时候的状态以及后期的细胞表型。该芯片中包含有维持细胞多能干性以及自我更新特性的基因，监测早期分化事件的标志物基因，同时还包含有间充质干细胞区别于胚胎干细胞的特异标志物基因。利用实时定量PCR，研究者可以方便并且可信地对与间充质干细胞及其分化相关的基因进行同时检测。
Stemness Markers: FGF2 (bFGF), INS, LIF, POU5F1 (OCT4), SOX2, TERT, WNT3A, ZFP42. MSC-Specific Markers: ALCAM, ANPEP, BMP2, CASP3, CD44, ENG, ERBB2 (HER2), FUT4, FZD9, ITGA6, ITGAV, KDR, MCAM, NGFR, NT5E, PDGFRB, PROM1, THY1, VCAM1. Other Genes Associated with MSC: ANXA5, BDNF, BGLAP (Osteocalcin), BMP7, COL1A1, CSF2 (GM-CSF), CSF3 (GCSF), CTNNB1, EGF, FUT1, GTF3A, HGF (Scatter Factor), ICAM1, IFNG, IGF1, IL10, IL1B, IL6, ITGB1, KITLG, MMP2, NES, NUDT6, PIGS, PTPRC, SLC17A5, TGFB3, TNF, VEGFA, VIM, VWF. MSC Differentiation Markers: Osteogenesis: BMP2, BMP6, FGF10, HDAC1, HNF1A, KDR, PTK2, RUNX2, SMURF1, SMURF2, TBX5. Adipogenesis: PPARG, RHOA, RUNX2. Chondrogenesis: ABCB1 (MDR1), BMP2, BMP4,BMP6, GDF5 (CDMP-1), GDF6, GDF7, HAT1, ITGAX, KAT2B, SOX9, TGFB1. Myogenesis: ACTA2, JAG1, NOTCH1. Tenogenesis (Tendon Development): BMP2, GDF15 (PLAB), SMAD4, TGFB1.