Hedgehog信号通路PCR芯片可检测hedgehog信号通路相关的84个基因。包括Sonic hedgehog（Shh）在内的hedgehog家族成员都是大家熟知的发育成形素，它们在各种器官发育过程中发挥促进形态形成的作用，例如神经系统、肌肉、心脏和肺的形成。此外，有研究表明Hedgehog信号通路也有可能影响多种癌症的发生。芯片中包含hedgehog家族成、hedgehog受体和其他相关蛋白，以及与细胞分化和多细胞生物发育相关的关键基因。通过实时定量PCR的方法，研究者即能够利用该芯片简单可靠地同时检测hedgehog信号相关的基因表达。
Hedgehog Signaling Pathway: Hedgehog Ligands & Regulators: BOC, CDON, DHH, GAS1, HHIP, IHH, SHH. Hedgehog Receptors & Cofactors: LRP2, PTCH1, PTCH2, PTCHD1, PTCHD2, PTCHD3, RAB23, SMO. Transcription Factors & Regulators: BTRC, CSNK1A1, CSNK1E, FBXW11, GLI1, GLI2, GLI3, GSK3B, PRKACA, PRKACB, STK36, SUFU, ZIC1, ZIC2 (HPE5). Other Genes Important for Hedgehog Signaling: DISP1, DISP2, FGF9, FKBP8, HHAT, IFT52, KCTD11, OTX2, NPC1. Target Genes: BCL2, BMP2, BMP4, BMP5, BMP6, BMP7, BMP8BMTSS1, PTCH1, PTCH2, WNT1, WNT10A, WNT10B, WNT11, WNT16, WNT2, WNT2B, WNT3, WNT3A, WNT4, WNT5A, WNT5B, WNT6, WNT7A, WNT7B, WNT8A, WNT8B, WNT9A, WNT9B, VEGFA. Pathways that Crosstalk with Hedgehog Signaling: TGFß/BMP Signaling: BMP2, BMP4, BMP5, BMP6, BMP7, BMP8B, GREM1, SFRP1. WNT Signaling: BTRC, CTNNB1, FBXW11, FGF9, GSK3B, LATS1, LATS2, WIF1, WNT1, WNT10A, WNT10B, WNT11, WNT16, WNT2, WNT2B, WNT3, WNT3A, WNT4, WNT5A, WNT5B, WNT6, WNT7A, WNT7B, WNT8A, WNT8B, WNT9A, WNT9B. Hippo Signaling: FAT4, FRMD6, LATS1, LATS2, MOBKL1A, NF2, STK3. Other Genes: FGFR3, RUNX2, ERBB4, FOXE1, MAPK1 (ERK2), NUMB, TP53.